2.1 服务器登录以及Linux系统基本操作#
通常我们会用服务器(超级计算机,或者高性能计算机)而非自己的电脑执行计算任务。服务器可能是课题组自备的,也可能是超算平台的,因此你需要知道:
(1) 如何用自己的电脑连接上服务器;
(2) 如何在服务器和个人电脑之间传输文件(上传和下载)。
(3) 和课题组师兄/师姐或者超算的工程师确认超算上已经成功安装了VASP
这一点不同课题组情况不同,请向组里师兄师姐当面请教,并记得感谢他们(疯狂星期四)。如果你是组里第一个做VASP计算的,请网上搜索VASP安装教程,自己在服务器上安装。
绝大部分情况下,做VASP计算的服务器都是Linux系统,而Linux系统的一些基本操作与Windows不同:比如进入某文件夹、复制文件a为文件b、编辑文本文件a里面的内容并保存、查看某文件a里面的内容等。在Linux下我们需要在终端输入命令行来进行操作,因此首先需要掌握Linux一些基本命令。这一点非常重要!请自行网上搜索学习Linux基本命令,初学阶段你至少需要掌握的Linux命令是:pwd ls cat cd cp mv rm mkdir grep head tail vim, 推荐b站视频:
在自己的windows/mac电脑下安装VESTA,这个软件后续用于查看和编辑晶体结构以及电荷密度等信息非常方便。如果你不习惯直接搜索官网安装,那网上搜索“windows系统 VESTA安装”的教程。同时建议你在服务器下安装Anaconda,搜索b站“Linux服务器安装anaconda3”。假设现在你已经学会了如何使用自己的电脑连接服务器,以及在电脑和服务器之间上传和下载文件,并且掌握了上面说的Linux最基本的命令使用,下一步就是开始进入第一个VASP算例。在开始之前,请先在服务器个人路径下用mkdir命令新建一个名为test或者work的文件夹,我们在该路径下进行第一个计算任务。