3.4.1 电荷密度#
DFT以体系的(电子)电荷密度作为基本量,其它物理量是通过对电荷密度求泛函得到的。在静态计算的INCAR中设置LCHARG=.TRUE. 时,当计算完成(收敛且无报错)就会输出CHGCAR文件,里面就是体系的电荷密度信息。这里我们以Si-金刚石结构为例,直观上认识一下电荷密度。
(1)首先得到一个Si-金刚石的晶胞结构(非原胞)
可以用前面例子中的结构参数(结构优化好的),或者从数据库中下载(这里推荐两个,Materials Project和Atomly,前者可能需要梯子)。这里使用的是中科院物理所等机构开发的数据库:https://www.atomly.net/
找到这个Fd-3m空间群的Si并点进去

Download下载Conventional Cell(晶胞),可以自行下载晶胞和原胞比较区别

下载完成拖到vesta里面查看一下,并重新选取坐标原点,去除bond显示,得到下右图(具体操作请自行网上搜索“vesta使用教程”关键词),这里给出一份vesta官方手册的中文解释:https://mp.weixin.qq.com/s/eJ3ReRB3N8MqqN_HZAXtJg

随后用vesta导出为vasp的POSCAR格式并上传到服务器的工作目录
Si8
1.0
5.4687280655 0.0000000000 0.0000000000
0.0000000000 5.4687280655 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 5.4687280655
Si
8
Direct
0.750000000 0.750000000 0.250000000
0.500000000 0.000000000 0.500000000
0.750000000 0.250000000 0.750000000
0.500000000 0.500000000 0.000000000
0.250000000 0.750000000 0.750000000
0.000000000 0.000000000 0.000000000
0.250000000 0.250000000 0.250000000
0.000000000 0.500000000 0.500000000原则上需要对数据库中下载的结构再做一次结构优化(常压),我们这里省略这一步。
(2)将前面的静态计算INCAR复制过来,这里LCHARG参数取为TRUE,表示计算完成后,输出CHGCAR文件。并准备好POTCAR和KPOINTS以及任务脚本。(这里KPOINTS取0.025的密度,用vaspkit生成)
POTCAR中ENMAX=245,所以在INCAR中设置ENCUT=500是可以的
grep ENMAX POTCAR
ENMAX = 245.345; ENMIN = 184.009 eV基于先验知识,我们知道Si-金刚石结构是半导体,所以ISMAER最好取-5,取0也不会有太大问题(但是不能取1)。这里EDIFF取的是1E-6(对于静态计算足够),默认1E-4
(3)检查完四个文件确认无误之后,通过脚本向服务器提交任务,等计算成功完成之后(查看result、OUTCAR和OSZICAR,确认计算成功收敛),把CHGCAR文件下载到自己电脑,直接拖进vesta里面查看。

其中,黄色区域就是电荷密度(可以自行调节Objects-Properties-Isosurfaces参数得到不同的显示效果)。很容易看到,电子密度局域在了Si-Si原子之间,形成一种“共价网络”,类似sp3杂化形成了四个杂化轨道一样。但是,一般不用电荷密度来直接分析体系的成键情况,因为电荷密度很难在不同体系之间直接定量对比,更多的是用电子局域函数ELF,后面会介绍。
找一个合适的截面,显示2D 图
(操作可以参照:https://zhuanlan.zhihu.com/p/576256133)

另外,建议自己打开CHGCAR文件查看一下,需要对里面的内容格式有个基本认识,详细说明参照官网: